2016 yılında sayıştay başkanlığınca milli eğitim bakanlığı hesaplarında yapılan denetimler sonucunda düzenlenen ve sayıştay başkanlığının sitesinde yer alan  raporda  öğretmenlerin yapmış olduğu çeşitli faaliyetlerden almış olduğu ücretlerin birleştirilmemesi nedeniyle öğretmenlerden eksik gelir vergisi kesilmiş olduğu  tespiti yapılmıştır.İlgili raporun öğretmenlerden eksik vergi kesilmesi ile ilgili bölümü aşağıda yer almaktadır.

".........., Milli Eğitim Bakanlığı ile Bakanlığın bünyesinde yer alan döner sermayeli işletmelerden; öğretmenevlerinden; motorlu taşıtlar sürücü kursları hesabı (MTSK), çocuk kulüpleri hesabı, ÖSYM başvuru merkezi hesabı gibi özel hesaplardan; mesleki eğitim geliştirme ve yaygınlaştırma faaliyetlerinin desteklenmesi kapsamında okullardan personele yapılan ücret, ek ücret, fazla mesai, üretim teşvik primi, parça başı ücret, huzur hakkı vb. ödemelerin toplanarak, ulaştıkları dilimler için belirlenen oranlar üzerinden vergilendirilmesi gerekmektedir. Bakanlığın genel bütçe hesabından yapılan maaş, ek ders, fazla mesai vb. ödemelere ilişkin vergi matrahlarına yukarıda sayılan birim veya hesaplardan yapılan ücret vb. ödemeler ilave edilmemektedir. Bu da eksik vergilendirmeye sebep olmaktadır. Bu itibarla, yukarıda belirtilen mevzuat hükümleri gereğince MEB’e bağlı farklı birimlerindeki ücret ödemelerinde gelir vergisi matrahlarının birleştirilmesi gerekmektedir"

Sayıştay Başkanlığınca Milli Eğitim Bakanlığının denetimi sonucunda tespit edilen aksaklık aslında farklı birimlerden ve farklı işlerden dolayı çeşitli ödemeler yapan kurumların ortak sorunudur.Ödemelerini Maliye Bakanlığı KBS sistemi üzerinden yapan kurumlarda sistem matrah birleştirmesini kendisi yaptığı için bu yönde bir sorun yaşanmaz iken KBS sistemi kullanmayan kurumlar personele ücret ödemesi yaparken personelin gelir bilgilerini görmediğinden vergi diliminin uygulanmasına ilişkin hatalar yapılabilmektedir.Bunun önüne geçilebilmesi için yapılan ödemelerin tek bir sistem üzerinden yapılması sağlanmalı veya ödeme yapan kurumlar ödeme yapacağı personelin diğer kurumlardan almış olduğu ücret gelirlerini ilgili kurumlara sorarak ondan sonra ödeme yapmalıdır.Aksi takdirde Milli Eğitim Bakanlığınca personellere ödenen ücretler açısından 128 sıra nolu ve 160 sıra nolu Gelir Vergisi Tebliğlerinde yer alan düzenlemelere uyulmadığından daha sonraki dönemlerde personellere eksik kesilen gelir vergileriden dolayı borç çıkması mümkün görülmektedir.

Kaynak:T.C. Sayıştay Başkanlığı Milli Eğitim Bakanlığı 2016 Yılı Düzenlilik Denetim Raporu